Przekop przez Mierzeję Wiślaną nie jest pomysłem nowym, podobnie jak koncepcje zasypania Zatoki Puckiej, zabudowy Wisły czy zabetonowania Półwyspu Helskiego. Wszystkie te i podobne inicjatywy wywodzą się z okresu zachwytu nad możliwościami technologii wobec Przyrody. W latach 1930-1960 powstawały w USA i ZSRR gigantyczne budowle, które miały udowodnić prymat człowieka nad Naturą. W Polsce realizowano je albo planowano w mniejszej skali, bo na szczęście zwykle nie starczało na nie pieniędzy.
Dla osób nieobeznanych na bieżąco z historią mapy Polski warto przypomnieć podstawowe fakty. Zalew Wiślany, podobnie jak ujście Wisły w dzisiejszym kształcie, powstał pod koniec XIX w, był intensywnie użytkowany, na jego brzegach powstały liczne osady, a głównym zajęciem ludności było rybołówstwo, rolnictwo i obsługa stale rosnącego ruchu turystycznego. Od lat gospodarcze znaczenie Zalewu Wiślanego oparte było na rybołówstwie oraz handlu pomiędzy Elblągiem i rejonem Kaliningradu. Płytki Zalew (średnio poniżej 2 m głębokości) dodatkowo zamarzający zimą, współcześnie nie ma znaczenia dla żeglugi wielkotowarowej. Po wschodniej, rosyjskiej stronie Zalew otwiera się na Bałtyk Cieśniną Pilawską, która komunikuje pobliskie rosyjskie porty na Zalewie z morzem. W stronę Polski, przez płytki akwen kursowały płytkowodne, płaskodenne, małe statki pasażerskie i towarowe. Żegluga rekreacyjna na Zalewie Wiślanym odbywa się, podobnie jak na innych wodach śródlądowych, przez małe jednostki, głownie mieczowe, które nie mogą wychodzić na pełne morze. Elbląg, mimo modernizacji nie ma wielkiego potencjału gospodarczego jako port morski, i wobec łatwo dostępnych wielkich i rozbudowujących się portów w Gdańsku i Gdyni dalej nie będzie miał znaczenia.
Cały rejon Mierzei Wiślanej przez lata podlega ciągłym przemianom i obecnie stanowi ciekawe i wartościowe środowisko przyrodnicze rozległych trzcinowisk, dynamicznego ujścia Wisły ze zmiennymi archipelagami mielizn i wysp oraz dużego słonawego zbiornika, w którym rozmnażają się i rosną znaczące populacje sandacza, śledzia i poławianych przemysłowo ryb słodkowodnych. Położenie w linii Wisły i linii wybrzeża morskiego sprawia, że cały ten rejon jest bardzo ważny dla migracji i zimowania ptaków morskich i wodnych. Zbiorowiska wydm i sosnowego lasu na Mierzei Wiślanej są zasiedlone przez typowe dla takiego ubogiego środowiska rośliny i zwierzęta, tym niemniej walory krajobrazowe, mało zmieniony obszar plaż i trzcinowisk stanowią bardzo istotną wartość estetyczną i rekreacyjną. Znaczny obszar Mierzei jest objęty ochroną jako Park Krajobrazowy Mierzei Wiślanej, a Ujście Wisły i Zalew Wiślany to obszary „ptasie” sieci NATURA 2000. Oba ujścia Wisły i Zalew wraz z przyległym fragmentem Mierzei są chronione także jako Specjalne Obszary Ochrony Siedlisk NATURA 2000, jest tam też kilka rezerwatów.
Sieć obszarów N2000 jest systemem ochrony przyrody o ponad krajowym, wspólnotowym znaczeniu. Ustawa o ochronie przyrody (art. 34, pkt. 2) stanowi, że zgoda na działania, które będą na te obszary, chronione tam gatunki i siedliska w znacznym stopniu negatywnie oddziaływać, mogą być wydana wyłącznie w celu:
1) ochrony zdrowia i życia ludzi;
2) zapewnienia bezpieczeństwa powszechnego;
3) uzyskania korzystnych następstw o pierwszorzędnym znaczeniu dla środowiska przyrodniczego;
4) wynikającym z koniecznych wymogów nadrzędnego interesu publicznego, po uzyskaniu opinii Komisji Europejskiej.
Wydaje się, że nie zachodzą trzy pierwsze okoliczności, a czwarta nie została udowodniona.
Diabeł, jak często, i tu tkwi w szczegółach – jeśli uzna się, że skutki przyrodnicze nie będą znaczące, nie trzeba niczego udowadniać ani uzyskiwać opinii Komisji Europejskiej. Taka ocena zawarta jest w ostatnim raporcie oddziaływania inwestycji na środowisko, ale wcześniejsze kończyły się inną konkluzją (tyle, że zwolniono ze stanowiska urzędniczkę, która wydała na podstawie ocen ekspertów negatywną opinię).
Planowany obecnie przekop Mierzei dla środowiska morskiego (Zatoki Gdańskiej) prawdopodobnie będzie miał skutek znikomy albo żaden, ponieważ ma być to śluza zamkniętą z dwóch stron, w związku z czym przepływ wody pomiędzy Zatoką Gdańską a Zalewem Wiślanym będzie minimalny. Rozległa infrastruktura na brzegu morskim mierzei najprawdopodobniej zaburzy natomiast transport zawiesiny, czyli piasku wzdłuż brzegu – a wszędzie tam, gdzie prąd przybrzeżny, który niesie ten materiał, napotyka na jakaś przeszkodę w postaci falochronu, portu itp., następuje zabieranie materiału z jednej strony i odkładanie go z drugiej. Najbardziej poważne konsekwencje będzie miała budowa i utrzymywanie toru wodnego, czyli regularne pogłębianie płytkiego obszaru od ujścia przekopu do portu w Elblągu. Dno Zalewu pokryte jest bogatym w materiał organiczny lotnym mułem, który unosi się w wodzie po każdym wzburzeniu, więc wielokilometrowy kanał wodny będzie źródłem ciągłej chmury gęstych zawiesin, które mają bardzo negatywne skutki dla wszystkich organizmów filtrujących oraz młodocianych stadiów ryb – w tym najcenniejszych w rejonie tarlisk sandacza. Trzeba pamiętać, że wymienione organizmy są elementami złożonej sieci troficznej zbiornika, a więc oddziaływanie nie kończy się na nich. Pogłębianie tego toru wodnego (z 2 do 5 m głębokości) to prawdziwa praca syzyfowa, bo uwodniony muł będzie się cały czas spływał ze stromego stoku.
Planowane nakłady finansowe są gigantyczne, lecz być może niedoszacowane, możliwe skutki gospodarcze bardzo mizerne (inwestycja może zwrócić się za 450-500 lat, jeśli zwielokrotnią się przewozy i stawki opłat portowych- ocenia prof. Rydzkowski z Wydziału Ekonomii Uniwersytetu Gdańskiego), a straty w środowisku naturalnym bardzo istotne [Przyp. red.: w kontekście trwającego obecnie kryzysu klimatycznego warto również podkreślić, że prace te wiążą się również z dużymi emisjami gazów cieplarnianych – emisjami, które musimy obecnie drastycznie ograniczać, jeśli nie chcemy dopuścić do klimatycznej katastrofy]. Zalew to nie Puszcza Białowieska, ale szkoda sandacza i lokalnego rybołówstwa, tym bardziej, że straty nie będą powetowane niczym więcej niż przekonaniem, że „człowiek potrafi”. Ale po co?